Политику испанского правительства, направленную на некоторое регламентирование эксплуатации аборигенов, поддерживали и католические священники, боявшиеся потерять многочисленную паству и доход от обращенных в «истинную» веру индейцев. Особое место среди служителей церкви занимал монах-доминиканец Бартоломе де Лас Касас, который не раз обращал внимание короля на вымирание индейского населения в колониях Испании.

Тем не менее аборигенов по-прежнему жестоко эксплуатировали. Их заставляли платить подушную подать и отбывать трудовую повинность. Многие из индейцев попадали в «извечную» кабалу. Подневольный труд аборигенов напоминал, по меткому наблюдению испанских путешественников Хорхе и Антонио де Ульоа, «никогда не прекращающую движения каторжную галеру, когда порт с возможным отдыхом удаляется все дальше, несмотря на то, что гребцы гребут к нему в ожидании этого отдыха, не щадя своих сил».

В результате нещадной эксплуатации и исключительно суровых условий существования на территории Колумбии выжили лишь немногочисленные индейские племена. Это были те, кто сумел укрыться от преследования конкистадоров в непроходимой сельве или в высокогорных районах.

В настоящее время в Колумбии живут мотилоны, чоко, гуахиро и некоторые другие племена. Наиболее компактную группу составляют гуахиро (на полуострове Гуахира). Они занимаются скотоводством или работают в качестве чернорабочих на добыче морской соли. В департаменте Гуахира, особенно в его полупустынной части, ощущается нехватка воды, почти нет дорог с твердым покрытием. 80% жителей неграмотны. На крайне низком уровне находится медицинское обслуживание. Высока детская смертность. Почти отсутствует прирост населения.