В 1936 г. Гайтан назначается алькальдом Боготы и на этом посту проводит ряд важных радикальных преобразований в масштабах города. Недовольная его мерами, особенно строгой налоговой политикой, олигархия провоцирует забастовку водителей такси. Народного лидера отстраняют от должности.

Попытки Гайтана осуществить прогрессивные преобразования наталкивались на сопротивление имущих классов и в дальнейшем, когда он занимал пост министра просвещения (1940 г.) и министра труда (1943 г.).

Но неудачи не обескуражили энергичного политического лидера. Понимая, что деятельность второго правительства А. Лопеса все больше парализуется реакцией, Гайтан начал активную борьбу за президентскую власть. При этом он учитывал и настроения народных масс, утративших былые иллюзии в отношении леволиберальных лидеров. В ходе предвыборной кампании Гайтан убедился, что простые колумбийцы видят в нем своего вождя. Не случайно позднее X. Виейра напишет, что Гайтан «для колумбийского народа был символом самых насущных чаяний и надеждой на мирное, справедливое и быстрое разрешение его проблем и бед».

Гайтанистское движение вновь стало набирать силу. Начали выходить столичная газета «Хорнада» и ряд изданий в провинции. Однако растущая популярность Гайтана пугала не только открытых врагов движения, но и руководящих деятелей либеральной партии. Для них он являлся тем самым «джинном», которого они в свое время выпустили из бутылки.

Партийная верхушка пошла на открытый раскол, лишь бы избежать выдвижения кандидатом на пост президента Гайтана. Тогда в сентябре 1945 г. в Боготу со всех концов страны съехались «гайтанисты» и провозгласили своего лидера «кандидатом народа». В знак солидарности с этим решением в столице прошла многотысячная демонстрация трудящихся.

Трезво оценив сложившуюся накануне выборов обстановку и понимая всю пагубность для дела демократии возможного прихода к власти представителя консерваторов Оспина Переса, Гайтан предложил руководству либеральной партии подписать с ним так называемый Антиолигархический пакт. Согласно этому документу, Гайтан снимал свою кандидатуру в пользу официально выдвинутой партией при условии, что в случае победы последней либералы осуществят ряд перечисленных в пакте радикальных реформ. Но либеральные «боссы» продолжали испытывать страх перед народным лидером. Оспина Перес их устраивал куда больше.

Вместе с тем наиболее дальновидные деятели либерализма все больше склонялись к пониманию очевидной истины — без Гайтана партии не вернуть былого влияния в массах. Поэтому требовалось пойти с ним на компромисс. Именно этим объяснялось выдвижение Гайтана на пост председателя сената и провозглашение главой колумбийского либерализма. Для Гайтана же такое сближение с либералами не было конъюнктурным: оно отвечало его планам превращения либеральной партии в революционный инструмент перестройки общества. Это нашло свое подтверждение и в принятой по инициативе самого Гайтана новой партийной программе, формулировавшей прогрессивные цели и демократические требования.

О том, что для либералов это был лишь временный компромисс, свидетельствовала, в частности, стойкая оппозиция со стороны конгрессменов, принадлежавших к этой партии, ряду прогрессивных законопроектов, внесенных Гайтаном на рассмотрение сената.