Что касается биологической станции в Уотсонс-Бее, то Миклухо-Маклай уточнил дату начала ее строительства. «В 1879 г., а не в 1870, — писал он, — участок земли перед Кемп Коув был отведен мне правительством Нового Южного Уэльса для сооружения биологической станции и передан шести доверенным лицам (одним из которых был я)». Весной 1886 г. станция в Уотсонс-Бее была закрыта. Ее ликвидация глубоко опечалила Миклухо-Маклая. «.Не очень приятно все время, — отмечал Миклухо-Маклай, — ожидать, что мне придется покинуть биологическую станцию (которая в течение двух лет была для меня совершенно бесценным местом спокойного труда)». Вскоре Миклухо-Маклай на пароходе «Меркара» выехал на родину. В письме к вице-председателю Географического общества П. П. Семенову от 25 марта 1886 г., написанном в Индийском океане, между Цейлоном и Аденом, Миклухо-Маклай сообщал, что он возвращается в Петербург с целью издания результатов своих путешествий. Он просил Географическое общество оказать ему содействие в получении помещения в Академии наук для разбора коллекций перед «передачей их в музей Академии наук и другие музеи Петербурга»

В начале апреля 1886 г. Миклухо-Маклай был уже в Порт-Саиде, где он пересел на пароход «Лазарев», на котором и прибыл в Одессу. Здесь он задержался на несколько дней для разбора коллекций, привезенных им самим из Сиднея и Батавии, и багажа из Нагасаки, который был доставлен из Японии в Одессу братом путешественника В. Н. Миклухо-Маклаем еще в 1884 г. Багаж состоял из десяти ящиков, пяти тюков и подводы. Все это ненужное Н. Н. Миклухо-Маклаю на Новой Гвинее было доставлено в Нагасаки еще в 1871 г. на «Витязе».

Из Одессы Миклухо-Маклай выехал в Крым, в царскую резиденцию Ливадию, где 22 апреля 1886 г. встретился с Гир-сом, а 23-го — с Александром III. На этот раз и Гире и Александр III разрешили Миклухо-Маклаю поднять русский флаг на том или ином незанятом острове Тихого океана в колонии, которую он собирался основать. Во время этих встреч вопрос о Береге Маклая решен не был. Царское правительство не хотело ссориться с Германией, куда русские помещики сбывали хлеб по принципу «недоедим, но вывезем», и Миклухо-Маклай понял, что ему предстоит тяжелая и упорная борьба за Берег Маклая, захваченный германской Новогвинейской компанией.

Из Крыма Николай Николаевич через Киев направился в Малин, откуда 18 мая 1886 г. отправил Гирсу письмо, в котором сообщал, что на его предложения, «сделанные императорскому германскому правительству через министерство иностранных дел», он получил 25 сентября 1885 г. «ответ берлинского кабинета, что он затрудняется согласиться» на предложение русского путешественника «ввиду того, что заявление это последовало после выдачи грамоты германской Новогвинейской компании». Миклухо-Маклай привел неопровержимые факты, доказывающие преимущественные права России на Берег Маклая, и выразил решительный протест против создания германской комиссии для проверки этих фактов. «Зная из многолетнего опыта всю трудность изучения туземных языков, — писал Николай Николаевич, — зачастую невозможность передать европейские понятия на языке туземцев, а также многочисленность диалектов в Новой Гвинее, я не могу придавать серьезного значения будущим результатам назначенного германским правительством исследования на месте моих прав». Миклухо-Маклай надеялся, что с помощью русского правительства ему удастся отстоять интересы папуасов Берега Маклая, а Гирсу во время предстоящего свидания с Бисмарком — убедить канцлера Германии в правоте требований русского путешественника, суть которых сводилась к отказу Германии от претензий на Берег Маклая. 10 июня Миклухо-Маклай уже был в Петербурге. Приезд Миклухо-Маклая в Петербург вызвал большой интерес прессы к его жизни и деятельности. Путешественник стал «модным человеком».